RAPTOR

Περιγραφή

Το RAPTOR είναι ένα καινοτόμο λογισμικό σχεδιασμένο για ακριβή πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών. Συνδυάζει προηγμένα εργαλεία ανάλυσης σε μια ολοκληρωμένη λύση λογισμικού και παρέχει τρεις διαφορετικές μεθόδους σπειρώματος. Η μοναδική ακέραια προσέγγιση βελτιστοποίησης προγραμματισμού του RAPTOR είναι πιο αποτελεσματική για την εύρεση προτύπων δομών στόχων με ομολογία χαμηλής ακολουθίας και είναι σε θέση να δημιουργήσει μοντέλα υψηλής ποιότητας. Η εύχρηστη διεπαφή και οι εύχρηστες τιμές Ε είναι ιδανικές για αρχάριους και ειδικούς. Πάνω απ 'όλα, η διαισθητική εμφάνιση της εξόδου επιτρέπει στους χρήστες να κατανοήσουν τα αποτελέσματα απλά με μια ματιά. Δεδομένης μιας αλληλουχίας πρωτεΐνης στόχου, εάν υπάρχει μια ομόλογη πρωτεΐνη με γνωστή τρισδιάστατη δομή, μπορεί να βρεθεί χρησιμοποιώντας εργαλεία αναζήτησης ακολουθίας όπως το PSI-BLAST, που παρέχονται επίσης στο RAPTOR. Η δομή του στόχου στη συνέχεια κατασκευάζεται από τη γνωστή δομή. Ωστόσο, όταν η ομολογία της ακολουθίας δεν είναι σημαντική, δηλαδή λιγότερο από 25%, το PSI-BLAST δεν μπορεί να επιτύχει μια αυτοπεποίθηση επιτυχία. Σε αντίθεση με το PSI-BLAST, το οποίο κάνει απλώς μια αναζήτηση ακολουθίας, το νήμα πρωτεϊνών, η αναγνώριση πτυχών, χρησιμοποιεί τόσο την ομολογία όσο και τις πληροφορίες δομής. Σαρώνει την πρωτεϊνική αλληλουχία με μια άγνωστη δομή σε μια βάση δεδομένων γνωστών δομών. Χρησιμοποιώντας μια συνάρτηση βαθμολόγησης και πραγματοποιώντας ανάλυση συμβατότητας μεταξύ τρισδιάστατων δομών και γραμμικών αλληλουχιών πρωτεϊνών, θα εντοπιστεί το καλύτερο δομικό πρότυπο από το οποίο θα χτιστεί η δομή της ακολουθίας. Ως αποτέλεσμα, το νήμα πρωτεϊνών δίνει μια ανώτερη πρόβλεψη από το μοντελοποίηση ομολογίας όταν υπάρχει οριακή ομολογία αλληλουχίας.