MultiGeneBlast

Περιγραφή

Το MultiGeneBlast είναι ένα εργαλείο ανοιχτού κώδικα που βασίζεται σε μια αναδιαμόρφωση των κεφαλίδων FASTA των πρωτεϊνικών καταχωρήσεων του NCBI GenBank, χρησιμοποιώντας το οποίο μπορεί να εντοπίσει το νουκλεοτίδιο και τις συντεταγμένες πηγής. Το MultiGeneBlast μπορεί να βοηθήσει στην ανίχνευση τέτοιων πολυγονιδιακών μερών για έργα συνθετικής βιολογίας. Μια συνθετική βιβλιοθήκη οπερονίων μπορεί να δημιουργηθεί με βάση την έξοδο της για να προσδιορίσει εκείνα τα οπερόνια των οποίων η λειτουργία είναι πιο κοντά σε αυτήν που επιθυμεί ο χρήστης. Αυτό το εργαλείο παρέχει τις ευκαιρίες αναγνώρισης όλων των ομόλογων γονιδιωματικών περιοχών συνδυάζοντας τα αποτελέσματα μεμονωμένων εκτελέσεων BlastP σε κάθε γονίδιο και ταξινομώντας τις γονιδιωματικές περιοχές από οποιαδήποτε καταχώρηση GenBank με βάση τον αριθμό των επισκέψεων, τη διατήρηση synteny και τη αθροιστική βαθμολογία Blast bit. Μπορούν να πραγματοποιηθούν αναζητήσεις αρχιτεκτονικής για την εύρεση οποιωνδήποτε γονιδιωματικών περιοχών με επιτυχίες Blast σε οποιονδήποτε συνδυασμό αλληλουχιών αμινοξέων καθορίζεται από τον χρήστη.